La Rectoría, órgano ejecutivo superior, sobreentiende, administra, coordina y controla todas las actividades universitarias. Es ejercida por el Rector y comprende aún cinco pros rectorías, responsables por diversas actividades que contribuyen para el funcionamiento y para el desarrollo de la Universidad. Son ellas:

Rector Prof. Rafael Frederico Henn

Vice-Rectora Prof. Andréia Rosane de Moura Valim

Prorrectoría Académica Pro-Rector Prof. Rolf Fredi Molz

Directorio de Enseñanza de Grado Directora Prof. Giana Diesel Sebastiany

Directorio de Investigación y Posgrado Director Prof. Adilson Ben da Costa

Directorio de Educación Continua y Tecnología Educativa Director Prof. Rudimar Serpa de Abreu

Directorio de Innovación y Emprendedorismo Director Prof. Rafael Kirst

Prorrectoría Administrativa  Pro-Rector Prof. Heron Sérgio Moreira Begnis

Directorio de Finanzas Director Prof. Fernando Batista Bandeira da Fontoura