A Unisc é umas das primeiras instituições brasileiras a mostrar interesse no ProUni, aderindo ao Programa no mesmo ano. O Setor de Atendimento ao Aluno da Unisc também aprimora outros sistemas de crédito e facilita a entrada de mais estudantes no ensino superior. Na área de artes e cultura, é criada a Orquestra Jovem da Unisc, antes Orquestra Jovem de Santa Cruz. A Universidade continua sua luta para conseguir o Curso de Medicina com diversas obras e reformas estruturais e, ao final do ano, Vilmar Thomé é eleito reitor para 2006/2010.