Em 1992, um concurso popular define a marca da nova universidade. Roberto Müller, publicitário, criou a proposta vencedora.
Mantida até hoje, baseia-se nos seguintes conceitos: nove pequenos quadrados que, unidos, representam a solidez do conjunto que constitui a Unisc, seus cursos, professores, alunos e funcionários. Desses, oito têm cor azul e um tem cor branca, simbolizando uma instituição sempre aberta ao novo e em constante evolução.