O futsal é um dos esportes mais praticados no Brasil e no mundo, principalmente em regiões onde o frio e a umidade são muito intensos. Nestes casos a adaptação e a praticidade de uma quadra esportiva coberta proporciona esse aumento. Atualmente a UNISC apoia 3 equipes: Assoeva/Unisc de Venâncio Aires, a Unisc/Sobradinho de Sobradinho da Região Centro Serra e Santa Cruz Futsal/Unisc de Santa Cruz do Sul. As equipes possuem categorias de base em suas sedes, e as aulas de futsal são ministradas pelos atletas e treinadores das equipes. Atualmente são aproximadamente 350 atletas participantes.
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